Первые упоминания о селе Костино встречаются в жалованных книгах 1585 года: «Церковь построена в 1689 году тщанием царского стольника Феодора Иванова Космина» (Ведомость о церкви за 1916 год). Род Косминых, владевших Костино около ста лет, вплоть до середины XVIII века, происходил из новгородских бояр. По названию церкви село Костино стало называться «Костино, Богородское тожЪ».

В 1829 году село Костино, Богородское тожъ становится собственностью княгини Екатерины Гавриловны Гагариной-Долгоруковой. В 1861 году имение наследует её дочь Варвара Никитична Долгорукова, которая в 1863 году по благословению митрополита (ныне святителя) Филарета Московского строит пятиярусную каменную колокольню и теплую паперть при церкви.

Последним владельцем усадьбы «Костино» с 1901 года был Потомственный Почетный Гражданин, награжденный Золотой медалью на Анненской ленте, Александр Николаевич Крафт, крупный фабрикант того времени, ставший в 1903 году церковным старостой. В 1913 году А.Н. Крафт проводит в церкви водяное отопление. В 1915 году на церковной усадебной земле строит дом для священнослужителей, каменную сторожку и два деревянных сарая, составляющие собственность церкви (Ведомость о церкви за 1916 год). После октябрьского переворота, в 1918 году, Александр Николаевич со всем семейством – женой и пятью детьми – эмигрирует в Германию.

Слева направо: неизвестный, Лидия Флорентьевна Крафт (урождённая Перлова),
Александр Николаевич Крафт, Константин Николаевич Крафт. 1900-е гг.

В 1920-е годы храм закрыли. Вначале церковь была разгромлена: уничтожен мраморный пятиярусный иконостас, разграблена церковная утварь и иконы, в том числе главная святыня — чудотворная Смоленская икона Божией Матери.

В 1931 здание церкви переделали под радиоузел, а позднее использовали для различных хозяйственных нужд коммуны. Колокольню уничтожили.

В 1954 году разрушили церковь и на её фундаменте построили типовой жилой дом (№ 32 по ул. Дзержинского).

В 1995 году в усадебном парке, вблизи исторического места, установлен памятный Крест. Здесь служатся молебны о скорейшем возрождении порушенной святыни.

3 марта 1999 года Указом №430 митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия настоятелем храма назначается священник Борис Куликовский (с 2009 года – протоиерей).

В декабре 1999 года общине предоставляется под храм временное помещение в аренду в главном доме усадьбы А.Н.Крафта «Костино» (ул. Ильича, дом 6). С 2000 года здесь размещается воскресная школа.

13 января 2000 года – первая Божественная литургия, начало регулярных богослужений после более чем полувекового перерыва.

2001 год – разработан эскизный проект храма в границах усадьбы. С учетом современных потребностей города Богородицерождественский храм спроектирован двухуровневым, общей вместимостью 1200 человек. Нижний — во имя апостола и евангелиста Иоанна Богослова.

2003 года – начало строительства.

2005 год – окончание строительства.

2006 год – начало богослужений.

(Источники: http://bogoroditskiy.cerkov.ru/, http://www.geokorolev.ru/biography/biography_person_kraft.html , http://hramvkostino.ru/)